Fosfor jest jednym z głównych pierwiastków odpowiedzialnych za rozwój glonów w oczku wodnym. Jego nadmiar powoduje zakwity i zmętnienie wody. Usuwanie fosforu polega na stosowaniu odpowiednich absorbentów (np. na bazie glinu, żelaza czy wapnia), które wiążą fosforany i wytrącają je w postaci osadu.
Inną metodą jest wprowadzenie większej liczby roślin, które zużywają fosfor jako składnik odżywczy. Regularne czyszczenie dna i filtrów również ogranicza jego ilość w obiegu. Kontrola poziomu fosforu to jeden z kluczowych elementów walki z glonami i utrzymania klarownej wody.