Głębokość oczka wodnego jest kluczowym parametrem, który wpływa na jego funkcjonowanie przez cały rok. Płytkie zbiorniki szybciej się nagrzewają i łatwiej zarastają glonami, ale są idealne dla roślin bagiennych i płytkowodnych. Oczko o głębokości minimum 80–100 cm umożliwia bezpieczne zimowanie ryb w strefie niezamarzającej.
Głębsze partie sprzyjają też zachowaniu równowagi biologicznej, ponieważ woda wolniej zmienia temperaturę i stabilniej utrzymuje parametry. Przy projektowaniu oczka zaleca się stworzenie kilku stref głębokości, co zwiększa bioróżnorodność i ułatwia sadzenie różnych gatunków roślin. Głębokość ma również wpływ na bezpieczeństwo – zbyt płytkie oczko łatwo przegrzewa się latem, a zbyt głębokie może być trudniejsze w pielęgnacji.