Chlor jest substancją szkodliwą dla życia w oczku wodnym i nie powinien się w nim znajdować. Woda z wodociągu często zawiera resztki chloru, które mogą podrażniać ryby i uszkadzać delikatne tkanki roślin wodnych. Dlatego przed wpuszczeniem ryb zaleca się odstawić wodę na kilka dni lub użyć preparatów neutralizujących chlor.
Stała obecność chloru w oczku może doprowadzić do śmierci organizmów wodnych. Chlor niszczy również pożyteczne bakterie filtracyjne odpowiedzialne za równowagę biologiczną. Unikanie chlorowanej wody jest podstawą przy zakładaniu i uzupełnianiu oczek wodnych.